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我們可以將PCR儀分為：梯度PCR儀，原位PCR儀，實時熒光定量PCR儀，普通PCR儀四類：

一、梯度PCR儀：把一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件，通常12種溫度梯度，稱為梯度PCR儀。

主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節(jié)約成本的同時也節(jié)約了時間。它主要用于科研，教學機構。

二、原位PCR儀：用于從細胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細胞內(nèi)基因擴增儀，如病源基因在細胞的位置或目的基因在細胞內(nèi)的作用位置等。原位PCR儀不但可以檢測到靶DNA，又能標出靶序列在細胞內(nèi)的位置，于分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理和臨床過程及病理的轉(zhuǎn)變有重大的實用價值。

三、實時熒光定量PCR儀：在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結(jié)合擴增，該儀器主要用于醫(yī)學臨床檢測，生物醫(yī)藥研發(fā)，食品行業(yè)，科研院校等機構。

四、普通的PCR儀：把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統(tǒng)的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應用于科研研究，教學，醫(yī)學臨床，檢驗檢疫等機構。